WGS y PCR en tiempo real - Socios, no competidores
Cómo la secuenciación del genoma completo (WGS) y la PCR en tiempo real están dando forma a la nueva era de la seguridad alimentaria
Con el Reglamento (UE) 2025/179, la Unión Europea exige el uso de la secuenciación del genoma completo (SWG) para ciertos patógenos transmitidos por los alimentos a partir del 23 de agosto de 2026:
- Listeria monocytogenes
- Salmonella entérica
- E. coli
- Campylobacter yejuni
- Campylobacter coli
Esto se aplica cuando estos patógenos están vinculados a un brote transmitido por los alimentos, o se sospecha tal vínculo.
El objetivo es establecer un sistema de alerta temprana molecular paneuropeo que pueda detectar y resolver los brotes a través de las fronteras más rápidamente.
Mientras que WGS se convierte en el nuevo estándar para la trazabilidad, la PCR en tiempo real sigue siendo la columna vertebral operativa de los análisis diarios, rápido, sensible y probado en la práctica.
WGS - La nueva tecnología de referencia para la trazabilidad
La secuenciación del genoma completo analiza el ADN completo de un microorganismo, detectando incluso las diferencias genéticas más pequeñas entre aislados.
El resultado: una huella digital de cada patógeno. Estos datos permiten a las autoridades y laboratorios de todo el mundo comparar cepas, independientemente de dónde se hayan aislado. Esto permite:
- Detección de clústeres en tiempo real e investigación de brotes
- Bases de datos de comparación global (por ejemplo, EFSA, ECDC, NCBI)
- Mejora de la evaluación de riesgos y la identificación de la fuente
¿Qué requiere la UE a partir de 2026?
Según el Reglamento (UE) 2025/179, los Estados Miembros deben utilizar el WGS cuando:
- Se sospecha o se confirma un brote transmitido por los alimentos
- Los aislados de alimentos, animales, piensos o el medio ambiente están vinculados a tal brote
Esto afecta principalmente a:
- Laboratorios nacionales de referencia
- Laboratorios regionales de alimentos y veterinaria
- Autoridades gubernamentales de inspección de alimentos
Las empresas alimentarias en sí no están obligadas a realizar WGS, pero deben proporcionar aislados o datos de secuencia existentes a petición de las autoridades.
La EFSA requiere la presentación de datos específicos junto con las secuencias de WGS. Esto incluye los identificadores de referencia, la especie patógena, la fecha de muestreo y el Estado miembro donde se produjo el muestreo, así como una descripción de la fuente, ya sea alimento, animal, pienso o material ambiental. Los resultados de WGS deben enviarse a la EFSA de inmediato una vez que estén disponibles.
PCR en tiempo real - El pilar operativo de la seguridad alimentaria
A pesar de los avances tecnológicos, la PCR en tiempo real sigue siendo una herramienta clave para las pruebas rutinarias y rápidas. Ofrece:
- Resultados en horas en lugar de días
- Alta sensibilidad
- Protocolos estandarizados
- Flujos de trabajo automatizables para grandes volúmenes de muestra
Las aplicaciones prácticas incluyen:
- Pruebas de liberación (por ejemplo, para productos frescos o listos para comer)
- Monitoreo ambiental e higiénico (CIP, superficies)
- Control de materias primas y evaluación de proveedores
Desde las pruebas hasta la estrategia: WGS y PCR en tiempo real trabajan juntos
"La PCR en tiempo real lo detectó. WGS muestra de dónde vino. La PCR en tiempo real evita que vuelva a ocurrir".
Un sistema de pruebas a prueba de futuro combina PCR y WGS en tiempo real en un proceso escalonado:
- Detección a través de PCR en tiempo real - Detección temprana de patógenos o indicadores
- Aislamiento cultural de muestras positivas - Base para un análisis adicional
- Análisis WGS de aislados relevantes - Para trazabilidad, agrupación e investigación de brotes
Esto garantiza que WGS se utilice solo cuando sea necesario, y la PCR en tiempo real sigue siendo la herramienta de toma de decisiones rentable en las operaciones de rutina.
Si necesitas saber más, puedes escribirnos aquí